A. 从30mg动物组织中提取基因组DNA,产量取决于样品。
研磨组织
可选步骤: 虽然没有必须使用机械匀浆器匀浆组织,但是用液氮研磨组织可以提高裂解效果和减少孵育时间。当液氮挥发完后,将粉末转移至1.5ml的离心管中,加入200ul buffer TL,开始第二步操作;
蛋白酶消化组织
1. 称取30mg的组织,加入1.5ml的离心管中,加入200ul buffer TL。将样品剪成一块块小块可以加速裂解效果。如果样品大于30mg,可按比倒地提高 buffer TL的用量,如样品为60mg,则加入400ul Buffer TL.
2. 加入25ul OB蛋白酶(D3496/D3396)或蛋白酶K(20mg/ml, D3395/D3495),涡旋混匀,于55℃水浴摇床中振荡孵育至组织完全消化。如果没有水浴摇床,水浴时每隔20-30分钟混匀一次。消化时间取决于样品使用量和组织类型,一般3小时就能获得良好的消化效果,样品也可消化过夜。室温下,10,000×g离心5分钟去除不溶解的杂质,然后将上清液转移到新的离心管中。
3. 可选步骤:某些组织例如肝脏包含有高丰度的RNA,它可能会和DNA一起回收出来,一般情况下,RNA的污染并不会影响PCR操作,但可能会影响其它实验。因此,可加入20ul RNaseA(25mg/ml)混匀,至室温下放置2分钟,继续下面的操作;
4. 加入220ul Buffer BL,涡旋混匀。70℃处理10分钟。加入Buffer BL后,可能会产生一些沉淀,但不会影响DNA的回收。根据样品的使用量调节Buffer BL的体积;
5. 加入220ul 无水乙醇,涡旋混匀。根据样品的用量,调节无水乙醇的用量;
基因组DNA吸附至柱子上
6. 把HiBind DNA柱子套在2ml收集管中(已提供),将第五步得到的溶液全部转入柱子中(包括所有的沉淀物),8,000×g离心1min,弃去该收集管和流出液。
洗涤去除残留的蛋白质和盐分
7. 将HiBind DNA柱子套在新的2ml收集管,加入750μl DNA Wash Buffer至柱子中,8,000×g离心1min,弃去流出液和收集管;
8. 将HiBind DNA柱子套在新的2ml收集管中,再加入750μl DNA Wash Buffer至柱子中,8,000×g离心1min,弃去流出液;
9. 将HiBind DNA柱子重新套回2ml收集管中,10,000×g离心空柱2min以干燥柱子的基质;这一步对下面的洗脱步骤至关重要。
洗脱出基因组DNA
10. 将柱子置于1.5ml灭菌离心管,加入50-100μl 70℃预热的DNA Elution Buffer至柱子的膜中央。 室温静置于2min;
11. 室温下,8,000×g离心1min,以洗脱DNA。保留含DNA的流出液。把柱子置于另一个1.5ml离心管,重复用另50-100μl的预热的DNA Elution Buffer离心洗脱,弃去柱子。注意:第一次洗脱可得到60%~70%结合于柱上的DNA,而两次洗脱的总量一般可大于90%。然而,增加洗脱体积会减少最终产物的浓度。若想得到高浓度的DNA,可使用50μl ~100μl的DNA Elution Buffer来洗脱。洗脱体积低于50μl将大大减少产量。另外可使用第一次洗脱液进行第二次洗脱。
若有需要,可浓缩DNA。加入终浓度为0.1M的NaCl和2倍体积的无水乙醇。混匀完全后于-20℃放置10min,10,000×g离心15min,弃去上清液。加入700μl的80%乙醇后,以10,000×g离心2min,弃去上清,在空气中干燥沉淀并用20μl的灭菌双蒸水或10mM Tris-HCl(PH8.0)重悬DNA。
B:从培养细胞中提取基因组DNA
该方案适合于从5×106个细胞中纯化25ug的基因组DNA.
1. 准备细胞重悬液
1 a: 冰冻的细胞样品必须在开始之前进行解冻。离心收集细胞,用PBS洗涤一次,用200ul预冷的PBS重悬细胞,按第两步进行操作;
1 b: 如果细胞悬浮生长,1200×g离心收集5×106个细胞,去除培养基,用PBS洗涤一次,加入200ul预冷的PBS重悬细胞;
1 c: 如果细胞贴壁生长,用胰蛋白酶消化后,收集细胞,洗涤两次,最后用预冷的PBS洗涤两次;
2. 加入25ul OB蛋白酶或蛋白酶K(20mg/ml),混匀于65℃水浴于处理5分钟,让细胞完全裂解。
3. 加入220ul Buffer BL,涡旋混匀;于70℃处理10分钟。加入Buffer BL后,可能会产生一些沉淀,但不会影响DNA的回收。根据样品的使用量调节Buffer BL的体积;
4. 加入220ul 无水乙醇,涡旋混匀。根据样品的用量,调节无水乙醇的用量;
基因组DNA吸附至柱子上
5. 把HiBind DNA柱子套在2ml收集管中(已提供),将第五步得到的溶液全部转入柱子中(包括所有的沉淀物),8,000×g离心1min,弃去该收集管和流出液。
洗涤去除残留的蛋白质和盐分
6. 将HiBind DNA柱子套在新的2ml收集管,加入750μl DNA Wash Buffer至柱子中,8,000×g离心1min,弃去流出液和收集管;
7. 将HiBind DNA柱子套在新的2ml收集管中,再加入750μl DNA Wash Buffer至柱子中,8,000×g离心1min,弃去流出液;
8. 将HiBind DNA柱子重新套回2ml收集管中,10,000×g离心空柱2min以干燥柱子的基质;这一步对下面的洗脱步骤至关重要。
洗脱出基因组DNA
9. 将柱子置于1.5ml灭菌离心管,加入50-100μl 70℃预热的DNA Elution Buffer至柱子的膜中央。 室温静置于2min;
10. 室温下,8,000×g离心1min,以洗脱DNA。保留含DNA的流出液。把柱子置于另一个1.5ml离心管,重复用另50-100μl的预热的DNA Elution Buffer离心洗脱,弃去柱子。注意:第一次洗脱可得到60%~70%结合于柱上的DNA,而两次洗脱的总量一般可大于90%。然而,增加洗脱体积会减少最终产物的浓度。若想得到高浓度的DNA,可使用50μl ~100μl的DNA Elution Buffer来洗脱。洗脱体积低于50μl将大大减少产量。另外可使用第一次洗脱液进行第二次洗脱。
若有需要,可浓缩DNA。加入终浓度为0.1M的NaCl和2倍体积的无水乙醇。混匀完全后于-20℃放置10min,10,000×g离心15min,弃去上清液。加入700μl的80%乙醇后,以10,000×g离心2min,弃去上清,在空气中干燥沉淀并用20μl的灭菌双蒸水或10mM Tris-HCl(PH8.0)重悬DNA。
C:从老鼠尾巴中提取基因组DNA
该方案适合于从5×106个细胞中纯化25ug的基因组DNA。
1. 剪碎0.2-0.5cm的老鼠放置于1.5ml的离心管中,加入180ul Buffer BL。如果有必要的话,可火烧伤口以防止流血。
注:老鼠年龄不能超过6个星期,因为超过6个星期后,老鼠尾巴将很难裂解而很难得到理想的回收产物。如可能的话,可在小鼠2-4个星期时,切出小鼠尾巴,然后保存于70℃。
加入25ul OB蛋白酶或蛋白酶K(20mg/ml),涡旋混匀,于55℃水浴摇床孵育1-4小时或至充分裂解。如果没有水浴摇床,可每隔20-30分钟涡旋混匀一次。不充分的裂解会导致柱子阻塞而降低DNA产量。样品的消化时间取决于小鼠尾巴的使用量和老鼠的年龄。2龄0.5cm小鼠尾巴一般只需要2小时就能获得良好的效果。对于年龄老的小鼠可消化过夜。注:骨和毛是不能消化的。
2. 室温下,10,000×g离心5分钟沉淀去除不溶解的杂质和毛发。小心转移上清液至新的离心管中,在吸取上清液时,不要吸到任何沉淀物。
可选步骤:小鼠尾巴中的RNA可能会和DNA一起纯化出来。一般情况下,RNA的污染不会影响到PCR反应,但可能会影响其它酶促反应。可加入15ul RNaseA(25mg/ml)混匀,于室温孵育2分钟。
3. 加入1倍体积的Buffer BL和一倍体积的异丙醇,涡旋混匀。涡旋混匀是必需的。
4. 将HiBind DNA 柱子套在2ml的收集管中,将第3步得到的溶液(包括所有的沉淀物)全部转移至柱子中。8,000×g离心1分钟以吸附DNA,弃去滤过液和收集管;
5. 将柱子套在2ml的收集管中,加入750ul Wash Buffer(已用无水乙醇稀释);8,000×g离心1分钟,弃去过滤淮和收集管;
6. 将柱子套在2ml的收集管中,加入750ul Wash Buffer(已用无水乙醇稀释);8,000×g离心1分钟,弃去过滤液;
7. 将柱子套在2ml的收集管中,室温下,8,000×g离心2分钟以甩干柱子的基质;这一步对去除柱子基质残余的乙醇是相当的关健的,不要省略此步;
8. 将柱子套在1.5离心管中,加入50-200ul预热至70℃的Elution Buffer。室温放置3分钟,(将柱子放置于60-70℃孵育3分钟有利于提高产量)。
9. 8,000×g离心1分钟,以洗脱DNA。重复用50-200ul预热的Elution Buffer洗脱柱子。
10. 将洗脱的DNA保存于-20℃。
D:从石蜡包埋的组织中提取基因组DNA
该方案适合于从5×106个细胞中纯化25ug的基因组DNA。
1. 剪称不超过30毫克的组织(~2mm3)于离心管中;
2. 加入1ml二甲苯,充分涡旋混匀以去除石蜡;
3. 室温下,10,000×g离心10分钟;不要打动组织沉淀吸取上清液;
4. 加入1ml无水乙醇洗涤,室温下10,000×g离心5分钟;不要打动组织沉淀吸取上清液;
5. 重复用无水乙醇洗涤;
6. 37℃,空气处理15分钟;
7. 加入200ul Buffer TL至组织中,然后按A步中第二步操作进行;
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