1. 在10-20ml的培养管中加入5ml YDP培养基,加入菌种于30℃摇床振荡培养12-16小时;
注:菌中培养时间不能超过16小时;
2. 收集1.5-5ml培养液,室温下,12,000×g离心1分钟;
3. 尽量吸弃培养基,然后加入250ul YP I/RNase A至酵母沉淀物;涡漩重悬细胞。注:充分重悬细胞对获得高产量质量是相当重要的。
→Tip:残留的培养基会影响裂解效果,因此必须尽量吸弃培养基,可倒弃培养基后,短暂离心,用枪头吸尽培养基,以彻底去除残留的培养基。
注:有些实验证明用溶菌酶预先处理酵母能提高质粒的产量。如果用YPII裂解细胞有问题或回收的产量很低,在第3步之前按以下步骤进行:
按以下配方准备Buffer SE:
1 M 山梨(糖)醇(Sorbitol)
100mM EDTA
14mM ß-巯基乙醇
用500ul Buffer SE和200单位的溶菌酶重悬细胞,并于30℃孵育30分钟;室温下,4,000×g离心5分钟沉淀芽胞;
4. 加入250ul YPII,轻轻颠倒和旋转混匀4-6次至获得澄清的裂解液。室温放置5分钟可能是必要的。避免剧烈混匀以防止打断基因组DNA而降低质粒的纯度;
5. 加入350ul YPIII,轻轻颠倒混匀几次至获得絮状的沉淀物止。室温下,10,000×g离心10分钟;
→Tip:如果离心后蛋白质和基因组DNA沉淀物还残留在溶液中,可适当提高离心速度和延长离心时间。一般情况下,10,000×g离心10分钟足以离心沉淀;
6. 将HiBind 小量柱子套在2ml的收集管中,小心将上清液转移到柱子上。转移上清液时,不要将沉淀物转移到柱子中。室温下,10,000×g离心1分钟,让上清液流过柱子;此时质粒已结合至柱子上;
→Tip:在转移上清液时,尽量不要吸到任何沉淀物,因为这些沉淀会影响到纯度,也可能会导致柱子阻塞;
7. 弃去滤出液,柱子重新套回收集管中,加入500ul Buffer HB。室温下,10,000×g离心1分钟;
→加入Buffer HB溶液洗涤可以去除残留的蛋白质,提高质粒的纯度。
8. 弃去滤出液,柱子重新套回收集管中,加入750ul Wash Buffer(已用无水乙醇稀释),10,000×g离心1分钟,弃去滤出液;
9. 可选步骤:用另外750ul Wash Buffer重新洗涤柱子一次;
10. 室温下,10,000×g离心空柱1分钟以干燥柱子。
→不要忽略此步,能去除柱子中残留的乙醇;
11. 将柱子套在一干净的1..5ml离心管中,加入50ul-100ul灭菌水去离子水或TE缓冲液(加入的量取决于预期的产物浓度)至柱子的膜中央。室温下,10,000×g离心1分钟以洗脱DNA。第一次洗脱可以洗出75-80%柱子上的DNA。第二次洗脱可以洗出残留的DNA,但是浓度较低。
→加入灭菌水后,室温放置2-3分钟可能可以提高质粒的产量;
12. DNA纯度和产量:将样品稀释20至50倍,在紫外分光光度计测260nm或280nm吸光值:
DNA浓度(ug/ml)=OD260×50×稀释倍数
虽然HiBind DNA柱子的结合能力可以达到25ug,但是酵母质粒的产量取决于酵母和质粒的类型。一般情况下,高挎贝数的质粒,可在5ml的培养物提取1ug的质粒DNA。 |