真核细胞或组织的RNA提取操作方案
1. 加入400ul TRK Lysis Buffer裂解细胞或组织;在开始实验之前,请在1ml TRK Lysis buffer溶液中加入20ul 2-mercaptoethanol。400ul TRK Lysis Buffer用于107个细胞或40mg组织,对于较特别的组织,超过107个细胞或40mg组织,请用700ul TRK Lysis Buffer,但是不要超过50mg的组织;
注:a) 对于单层贴壁的组织培养细胞(如成纤维细胞,内皮细胞等),可以直接在培养瓶中进行裂解细胞:彻底吸弃培养瓶中的培养液,直接加入TRK Lysis Buffer至培养瓶中:对于T35培养瓶或10cm培养皿,加入700ul TRK Lysis Buffer;对于小型的培养瓶,可加入400ul TRK Lysis Buffer.用枪头吹打溶液至整个瓶壁,以确保细胞完全从壁上放脱出来并完全裂解;转移裂解液至新的干净的1.5ml离心管中,按着第2步操作;
b) 对于悬浮培养的细胞,室温下,不超过1500rpm(400×g)离心5分钟以收集细胞,去除上清液,加入400ul TRK Lysis Buffer,涡旋或枪头抽打裂解细胞,将样品转移至1.5ml的收集管中,按着第2步操作;
c) 对于组织样品,按上述匀桨方法进行匀桨;组织完全裂解后,可室温下,10,000×g离心10分钟,去除不溶解的杂质,防止堵塞柱子;
2. 匀浆步骤:
a) 将匀浆柱套在收集管中,然后将裂解液加到匀浆柱上,室温下,10,000×g离心2分钟,将过滤液转移至新的离心管中。匀浆柱可以起到裂解细胞,打断高分子量DNA降低溶液粘稠度和过滤不溶解杂质的作用;这一步可以提高HiBind RNA Spin柱子的结合能力和减少柱子堵塞的情况,注意:过滤后,收集管底部可能会形成一些沉淀,在转移上清液时,不要吸到任何沉淀。
b) 用机械匀浆器交浆30秒;
c) 用一次性的#20号小型针头的注射器抽打裂解液至少5次;
3. 加入等倍体积(400ul-700ul)的70%乙醇至裂解液,涡旋混匀;这一步可能会形成一些沉淀,但是不影响以下的操作。
注意:加入70%乙醇后可能会产生一些沉淀物,但不会影响RNA的分离;70%的乙醇
必须用DEPC处理过的灭菌水来配制,否则70%乙醇中残留的RNaseA会降解RNA。
4. 将HiBind RNA Spin柱子套在2ml收集管中,该柱子一次性最多可以容纳800ul的溶液。将上述溶液(包括沉淀)转移至柱子上,室温下,10,000×g离心1分钟,以完全滤过溶液。如果还有溶液残留,请延长时间至溶液完全滤过柱子,去弃滤过液。继续将剩余的裂解液转移至柱子,离心弃去滤出液;
Tip:如果在离心后,柱子发生堵塞,可延长离心时间或提高离心速率至裂解液完全流出柱子。柱子发生堵塞的原因有以下几种原因:1.样品起始量太多;2.裂解不够充分;建议:1. 减小样品量,提高匀浆效率;2. 裂解完后,用匀浆柱过滤裂解液。
5. 将柱子套回2ml收集管中,加入300ul Wash Buffer I至柱子上,按上述条件离心,弃去滤出液,重复使用收集管.如果需要柱上进行DnaseI消化处理,请按第5步操作,否则按第6步操作;
6. Dnase酶消化处理(可选)
由于HiBind RNA柱子不经任何处理就能去除大部分的DNA,因此大部分应用并不需要特别的DnaseI消化处理,然而对于灵敏的实验(如RT-PCR)则需要去除基因组DNA的污染,按膜上DnaseI消化处理方案进行(DnaseI Cat # E1091)
A 对每个柱子,按下表配制混合液
OBI Dnase I Digestion Buffer |
73.5ul |
RNase-free DnaseI (20 Kunitz units/ul) |
1.5ul |
Total volume |
75ul |
注意:
(1) Dnase I 是相当容易变性的蛋白质,请不要涡旋DnaseI混合物,轻轻颠倒混匀.
(2) OBI Dnase I消化缓冲液也在试剂盒中提供;
(3) 常规的Dnase buffer不适合于膜上消化处理;
7. 将柱子放置于2ml收集管中,加入500ul RNA Wash Buffer I.(如果前面有膜上Dnase I处理,加入RNA Wash Buffer I后请放置5分钟);室温下,10,000×g离心1分钟,去除滤过液;
8. 将柱子套回离心管,加入500ul RNA Wash Buffer II(已用无水乙醇稀释),室温下,10,000×g离心1分钟,去弃滤过液;
注意:在使用Wash Buffer II之前,必须用无水乙醇进行稀释。按瓶子标鉴或说明书用无水乙醇稀释Wash Buffer II。
9. 将柱子套回离心管,加入500ul RNA Wash Buffer II,室温下,10,000×g离心1分钟,去弃滤过液。将柱子套回空的收集管,室温下,10,000×g离心空柱1分钟,以甩干柱子的基质;
10. 洗脱RNA:将柱子转移至新的1.5ml的收集管中,加入40-100 DEPC-水至柱子的膜中央。放置1分钟。室温下,10,000×g离心1分钟。如果RNA>50ug,第二次洗脱可能是必需的。
电泳检测:
电泳分析RNA时,请用专门的电泳槽进行RNA电泳。如果没有专门的RNA电泳槽,也可以用3%双氧水浸泡电泳槽和梳子等,过夜浸泡,然后用DEPC水冲洗电泳槽两次,所用的电泳液缓冲液不需DEPC处理。用于电泳分析RNA的方法可以分成两种:
1. 常规的琼脂糖凝胶:配制1.0%琼脂糖凝胶分析即可;
2. 变性胶分析。
一般情况上,常规的琼脂糖凝胶就可以分析RNA的质量。好的RNA产物在电泳后应该可以看到明显的二条带,分别为:28S,18S,有时候也可以看到5S的带。
从含纤维丰富的组织中提取RNA(骨骼肌肉,心脏和动脉组织等)
1. 从动物中取出组织或者取出冻冷藏的组织;
2. 取出10mg的组织,放置于1.5 ml离心管;
3. 加入300 ul TRK Lysis Buffer,用匀浆器或玻璃奶进行匀浆;
注:不完全的匀浆去会使柱子的阻塞,减少产量;一般情况下,用研磨或注射器会产减少产量,这里我们推荐使用转头匀浆器或玻璃奶匀浆系统;
4. 加入590ul DEPC处理水,混匀后加入OB 蛋白酶吸打混匀;
5. 55℃消化10分钟;
6. 室温下,10,000×g离心5分钟。离心后,在管底会有些不溶解的沉淀,在溶液的表面也会有层不溶解的物质。
7.(可选步骤)将匀浆柱套在2ml收集管中,将上清液小心转移到匀浆柱中。室温下,10,000×g离心2分钟。
8. 在第六步(或第七步)的上清液小心转移至新的离心管中,注意在转移过程中,不要吸到任何不溶解物质。
9. 加入450ul的无水乙醇(96-100%)至澄清的裂解液,涡旋混匀。
10. 将HiBind RNA 柱套在2ml收集管中,转移700ul裂解液(包括所有的杂质)至柱子上。
11. 室温下,10,000×g离心1分钟,去除过滤液。将柱子重新套回2ml收集管中;
12. 将剩余的裂解液加到柱子上,室温下,10,000×g离心1分钟,去除过滤液。
13. 将柱子套在新的2ml收集管中,加入500ul RNA Wash Buffer I,室温下,10,000×g离心1分钟,去除过滤液。
14. 将柱子套回2ml收集管中,加入500ul RNA Wash Buffer II,室温下,10,000×g离心1分钟,去除过滤液。
15. 将柱子套在新的2ml收集管中,重复加入500ul RNA Wash Buffer II,室温下,10,000×g离心1分钟,去除过滤液。
16. 将柱子套回2ml收集管中,室温下,10,000×g离心空柱1分钟以甩干柱子膜上的乙醇。——这一步对去除残留的乙醇是相当的关键的,不要省略。
17. 洗脱RNA:将柱子转移至新的1.5ml的收集管中,加入40-100 DEPC-水至柱子的膜中央。室温下,10,000×g离心1分钟。如果RNA>50ug,第二次洗脱可能是必需的。
从全血样品中提取RNA
该方法能从100ul的全血样品纯化足够的RNA用于RT-PCR等检测,对于更高效率的RNA纯化,请用Blood RNA Kit。
准备工作:在450ul TRK Lysis Buffer/2-Mercaptoethanol中加入蛋白酶K,使其终浓度为4mg/ml。该操作方案已经成功地检验过各种抗凝的新鲜的血液样品。
1. 转移100ul的全血样品至离心管中;
2. 加入350ul TRK Lysis Buffer/2-Mercaptoethanol(包括4mg/ml蛋白酶K),涡旋30秒混匀溶液;
3. 70℃孵育10分钟;其间颠倒混匀样品两次;
4. 室温下,10,000×g离心3分钟,转移450ul的上清液至新的离心管中;
5. 加入225ul无水乙醇,涡旋10秒混匀;然后按常规操作的第四步,上柱吸附RNA。 |