不可能预计某一个特定siRNA 对目标基因表达的抑制效果。因此, 针对每一个目标基因,一般筛选3-5 个不同的siRNA。这些筛选可使用昂贵的合成RNA,或用费时制成的克隆DNA 序列进行。而siLentGene™ U6 盒RNA 干扰系统避免了这些问题,可以较快较容易的筛选多个siRNA 序列。
siLentGene™ U6 盒RNA 干扰系统包括制备、纯化和转染siRNA 序列的所有试剂,这些siRNA 处于U6 启动子(这个启动子由基因工程得到,受专利保护)控制下,U6启动子偶联着一个特异的U6 聚合酶终止子。这种设计可以精确转录干扰RNA,并使转录的RNA 带有3’附加碱基。系统提供的U6 盒DNA 是PCR 的模板,同时提供上游引物。模板、上游引物以及下游引物(由客户准备)一起用于PCR 中。下游引物必须包括三个部分:与U6 盒结合区域, 能转录成siRNA 序列的区域,和一个U6 终止子序列。
siLentGene™ 系统操作流程概览
1.设计和合成含有合适干扰序列的下游DNA 引物(下游引物A 和下游引物B)
2.用siLentGene™ PCR DNA 纯化系统纯化PCR 产物。
3.转染混合的纯化PCR 产物进恰当的细胞系。
4.使用所选择的方法(例如,Western 分析,酶活性 或免疫细胞化学)分析RNA 干扰。
合成的PCR 产物,即U6 表达盒,包括了U6 启动子,靶标序列或靶标序列的互补序列, 和一个终止子序列。在这个实验中必须制备两个表达盒,一个表达反义siRNA另一个表达有义siRNA。经过过柱纯化后,将两个表达盒合在一起,再使用siLentGene™转染试剂转染合适的细胞系(图1)。普洛麦格公司经实验确定这个试剂为转染小片段DNA 的最佳试剂,我们不推荐在这个实验中使用其它转染试剂。请参考第VI 部分优化转染反应的细节。
转染之后,内源U6 聚合酶从每一个PCR 产物转录单个短RNA。得到的两个互补RNA 经退火,形成siRNA 二聚体。siRNA/ RISC 复合体在细胞内形成,并导致靶标mRNA特异降解。RNA 干扰的效果可以用不同的技术进行分析。第VII 部分讨论了用U6 表达盒获得的典型的干扰结果。
这个系统有下列特点:
方便:可在几小时内制造出能评估好几个siRNA 效果的不同的U6 表达盒。
价格不贵:使用DNA 寡聚核苷酸,是dsRNA 寡聚核苷酸价格的四分之一。
快速:无须制备转染级别的质粒或筛选插入片段。
高效:观察到的抑制效果与用以U6 载体为基础的系统相同。
易用:以DNA 为基础,不须操作RNA。
产品组分
每一个系统包含的试剂足够20 个标准的150ul 扩增反应。可以进行10 个siRNA 序列(包括靶标和对照)的评估。全系统包含三个独立的部分,每一个部分的储存条件都不同。
C7801:siLentGene™ U6 盒系统
60ul siLentGene™ U6 盒 DNA
60ul siLentGene™ U6 盒 上游引物
2*800ul siLentGene™ PCR 混合母液,(2X)
(包括Taq DNA 聚合酶,dNTPs 和扩增缓冲液)
2*1.25ml 无核酸酶的水
储存条件: 储存siLentGene™ U6 盒系统于-20oC。
C7802:siLentGene™ PCR DNA 纯化系统
1*25/包 离空小柱
2*3 ml 洗膜液
2*4 ml 膜结合液
1*25/包 收集管
1.25ml 无核酸酶的水
储存条件: 储存siLentGene™ PCR DNA 纯化系统于22-25 oC。
C7803: siLentGene™ 转染试剂
1*400ul siLentGene™ 转染试剂
储存条件: 储存siLentGene™ 转染试剂于4 oC。
|