IDA介质可以通过循环使用几百次而性能基本保持不变。不同介质，可以通过改变条件以形成最优化的特定的纯化系统，从而使目的蛋白的纯化效果达到最佳。最为常见的就是通过调整天然条件下洗涤和洗脱缓冲液的咪唑浓度，尽量减少非特异性结合蛋白的共纯化。